در میان شخصیت‌های معاصر، امام خمینی(ره) بیشترین نقش و تأثیر اخلاقی – معنوی را بر روی استاد مطهری به عنوان استاد اخلاق ایشان داشته است و الحق و الانصاف که استاد مطهری حق شاگردی را نسبت به استاد بزرگوار خود تمام و کمال ادا نمود، به طوری که امام(ره) وی را پاره تن خود خوانده و درباره او فرمود: «من فرزند بسیار عزیزی را از دست داده‌ام و در سوگ او نشستم که از شخصیت‌هایی بود که حاصل عمرم محسوب می‌شد».
حاصل عمر و فرزند برومند
من فرزند بسیار عزیزی را از دست داده‌ام و در سوگ او نشستم که از شخصیت‌هایی بود که حاصل عمرم محسوب می‌شد. در اسلام عزیز به شهادت این فرزند برومند و عالم جاودان ثُلمه‌ای وارد شد که هیچ‌چیز جایگزین آن نیست.
بخشی از پیام امام خمینی(ره) به مناسبت شهادت استاد مطهری
پاره تن امام
من در تربیت چنین فرزندانی که با شعاع فروزان خود مردگان را حیات می‌بخشند و به ظلمت‌ها نور می‌افشانند، به اسلام بزرگ، مربی انسان‌ها و به امت اسلامی تبریک می‌گویم. من اگرچه فرزند عزیزی که پاره تنم بود از دست دادم، لکن مفتخرم که چنین فرزندان فداکاری در اسلام وجود داشت و دارد. مطهری که در طهارت روح و قوّت ایمان و قدرت بیان کم‌نظیر بود رفت و به ملأ اعلی پیوست، لکن بدخواهان بدانند که با رفتن او شخصیت اسلامی و علمی و فلسفی‌اش نمی‌رود.
بخشی از پیام امام خمینی(ره) به مناسبت شهادت استاد مطهری
توصیه امام درباره کتب استاد مطهری
مطهری فرزندی عزیز برای من و پشتوانه‌ای محکم برای حوزه‌های دینی و علمی و خدمت‌گزاری سودمند برای ملت و کشور بود. اکنون شنیده می‌شود که مخالفین اسلام و گروه‌های ضد انقلاب درصدد هستند که با تبلیغات اسلام‌شکن خود دست جوانان عزیز دانشگاهی ما را از استفاده از کتب این استاد فقید کوتاه کنند. من به دانشجویان و طبقه روشن‌فکران متعهد توصیه می‌کنم که کتاب‌های این استاد عزیز را نگذارند با دسیسه‌های غیراسلامی فراموش شود.
بخشی از پیام امام خمینی(ره) به مناسبت اولین سالگرد شهادت استاد مطهری
قلم روان و فکر توانا
او با قلمی روان و فکری توانا در تحلیل مسائل اسلامی و توضیح حقایق فلسفی با زبان مردم و بی‌قلق و اضطراب، به تعلیم و تربیت جامعه پرداخت. آثار قلم و زبان او بی‌استثناء آموزنده و روان‌بخش است و مواعظ و نصایح او که از قلبی سرشار از ایمان و عقیدت نشأت می‌گرفت، برای عارف و عامی سودمند و فرح‌زاست. امید آن بود که از این درخت پرثمر، میوه‌های علم و ایمان بیش از آن‌چه بجا مانده چیده شود و دانشمندانی پربها تسلیم جامعه گردد. مع‌الاسف دست جنایتکاران مهلت نداد و جوانان عزیز ما را از ثمره طیبه این درخت برومند محروم نمود، و خدای را شکر که آن‌چه از این استاد شهید باقی است با محتوای غنی خود مربی و معلم است.
بخشی از پیام امام خمینی(ره) به مناسبت دومین سالگرد شهادت استاد مطهری
آثار بی‌استثناء خوب و انسان‌ساز
خدمتی که به نسل جوان و دیگران مرحوم مطهری کرده است، کم کسی کرده است. آثاری که از او هست، بی‌استثناء همه آثارش خوب است و من کس دیگری را سراغ ندارم که بتوانم بگویم بی‌استثناء آثارش خوب است. ایشان بی‌استثناء آثارش خوب است، انسان ساز است.
