آیت‌الله خامنه‌ای از دوستان و ارادتمندان استاد مطهری محسوب می‌شوند که در سال‌های پرفراز و نشیب قبل از انقلاب و در جریان فعالیت‌های فرهنگی و سیاسی آن دوره، با استاد شهید انس و الفت و همکاری تنگاتنگی داشتند. ایشان تفکر استاد مطهری را مبنای نظام جمهوری اسلامی دانسته و بر ضرورت گسترش این تفکر ناب تأکید ویژه‌ای دارند. از منظر آیت‌الله خامنه‌ای «تنها کسی که هم از لحاظ کمیت و هم از لحاظ کیفیت، خوب‌ترین فرآورده را تقدیم محیط اندیشه اسلامی کرده آقای مطهری است».
جوهر اصلی شخصیت استاد
محیط خانوادگی پدر، محیط حوزه علمیه قم، استادانی مثل امام خمینی و علامه طباطبایی و محیطی مثل تهران، در تکوین این شخصیت مؤثر بود. اما آن‌چیزی که همه این استفاده‌ها را برای آقای مطهری ممکن می‌کرد، استعداد قوی این مرد بود. آن‌چه که در ایشان به عنوان جوهر اصلی قضیه وجود داشت عبارت بود از همین قوّت استعداد فکری ایشان که در مجموع همه این‌ها شخصیت بزرگی ساخت که هم در محیط علمی، یک عنصر برجسته بود و هم در محیط سیاسی ـ اجتماعی. همین حضور در تهران و شرکت در فعالیت‌های سیاسی ـ اجتماعی در طول سال‌های دراز به ایشان یک بعد سیاسی هم داده بود و من فکر می‌کنم اگر چنانچه ایشان در حال حاضر زنده بود، یکی از عناصر اصلی تعیین‌کننده خط مشی کلی جامعه ایرانی ما بود.
آیت‌الله خامنه‌ای (مصلح بیدار، ج 1 / ص 275)
عاشق امام
مرحوم مطهری عاشقانه امام را دوست می‌داشت. واقعاً وقتی صحبت امام را می‌شنید و نام امام می‌آمد، مثل یک عاشق از امام یاد می‌کرد و اسم می‌برد و تحت تأثیر شدید امام قرار داشت. رابطه ایشان با امام، هم کمّاً و هم کیفاً یک رابطه مستحکمی بود. امام هم به ایشان خیلی علاقه‌مند بودند. در شورای انقلاب، ایشان بیشتر از همه افراد مورد اطمینان امام بود. اگر معلوم می‌شد که یک مطلبی یا مسئله‌ای مورد تأیید آقای مطهری است، امام خیلی راحت آن مسئله را قبول می‌کردند، در حالی که نسبت به دیگران به این راحتی ممکن بود قبول نکنند.
آیت‌الله خامنه‌ای (مصلح بیدار، ج 1 / ص 290)
نقش درجه یک در بازشناسی اسلام
در موضوع بازشناسی اسلام، از همه کسانی که در این شیوه اندیشه روشن‌فکرانه اسلامی کاری کردند و زحمتی کشیدند و خدمتی کردند، مرحوم مطهری عالم‌تر و فاضل‌تر و عمیق‌تر بود. علاوه بر این‌که آدم فاضل و عمیقی بود، بسیار هم پرکار بود، یعنی آدمی نبود که بنشیند تا یک وقتی پیش بیاید و یک کاری انجام بدهد، مرتب مشغول کار بود؛ هم می‌نوشت، هم سخنرانی می‌کرد. نوشته ایشان و سخنرانی‌های ایشان هردو مثل درس بود. خوب، شما کسی را فرض کنید با یک اندیشه متین و عمیق، با انگیزه بازشناسی اسلام و با برخورداری از ابزار بیان و قلم و در یک محیط مستعد و آماده؛ طبیعی است که نقش بسیار مؤثری داشته باشد. البته دیگران هم بودند و نقش دیگران را ندیده نمی‌گیریم، اما نقش مرحوم مطهری به نظر من نقش درجه یک بود.
آیت‌الله خامنه‌ای (مصلح بیدار، ج 1 / ص 288 و 289)
معرّف پایه‌های تفکر اسلامی
توصیه می‌کنم با سخن شهید مطهری ـ که همچنان سخن روز است ـ ارتباط برقرار کنید. یک روز همه عناصری که شهید مطهری به عنوان یک استوانه فکری در مقابل آن‌ها قد علم کرده بود، سر او ریختند و از لحاظ فکری بمبارانش کردند و از لحاظ حیثیت اجتماعی نیز وی را مورد تهاجم قرار دادند، اما او یک‌تنه ایستاد. آن مهاجمان چه کسانی بودند؟ مبلّغان فرهنگ‌های وارداتی بیگانه گمراه‌کننده و دام‌هایی بر سر راه افکار جوانان. آن روز عمدتاً کمونیسم و برخی تفکرات لیبرالیسم غربی مطرح بود. امروز علی‌الظاهر کمونیسم مرده است، اما آن سخنان که معرّف پایه‌های تفکر اسلامی در جوانب مختلف است همچنان زنده است.
آیت‌الله خامنه‌ای (استاد در کلام رهبر، ص 63)
شخصیت روحانی متناسب با زمان
شهید مطهری به عرصه ذهنیت جامعه نگاه کرد و عمده‌ترین سؤالات ذهنیت جامعه جوان و تحصیل‌کرده و روشن‌فکر کشور را بیرون کشید و آن‌ها را با تفکر اسلامی و فلسفه اسلامی و منطق قرآنی منطبق کرد و پاسخ آن‌ها را در سطوح مختلف در مقابل افراد گذاشت؛ از مسئله عدل الهی، و قضا و قدر، و علل گرایش به مادیگری بگیرید، تا مسائل مربوط به زنان، تا مسائل مربوط به خدمات متقابل اسلام و ایران. مرحوم شهید مطهری نمونه یک شخصیت روحانی متناسب با زمان است.
آیت‌الله خامنه‌ای (استاد در کلام رهبر، ص 72 و 73)
